将灭菌物品放入腔体摆放整齐，需注意的是，物品摆放的高度要低于腔体，以免堵塞顶部排气阀门，造成危险。不同的灭菌物灭菌的方法和时间都有区别，特别要注意的是敷料的灭菌，敷料是装在不锈钢器皿中的，多数用户都忘记打开敷料盒的通气小孔，以致于每次灭菌达不到试纸条的颜色，造成灭菌失败。一些器具的灭菌是用布带扎好灭菌，灭菌完毕后，不要拆开包装的布带，否则会再次污染。
对液体和培养基灭菌时，注意当灭菌完毕后，一定要让高压灭菌器自然排气冷却，万不可快速放气，急剧冷却，以免造成玻璃容器因温度骤变而引起爆裂，从而威胁实验人员的安全和造成高压灭菌器污染。
在灭菌物品上zui好盖一层布，这样灭菌后的物品不会因潮湿而担心灭菌效果，尽量让高压灭菌器自然冷却，禁止打开上方的安全阀和排气阀，以免造成高压气体伤人的危险。高压灭菌器建议一个月打开一次仪器上方的安全阀和排气阀，以免造成锈蚀直致锈死而带来危险。
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