抗酸染色也可将细菌分为两大类：即抗酸性细菌和非抗酸性细菌。因为临床上绝大多数病原菌为非抗酸性细菌，所以抗酸染色不作为临床上常规的细菌检查项目，只针对性用于结核病、麻风病等的细菌检查。疑似结核分枝杆菌感染的标本，经抗酸染色后以油镜检查，即可作出初步鉴定。将有肺结核症状病人的痰标本，制成涂片后，作萋-纳染色镜检，根据所见结果即可报告“找到（未找到）抗酸菌”。再如有肾感染症状的病人，取其尿标本，经离心沉淀后作涂片，行萋-纳及潘本汉抗酸染色，如两张涂片均查见红色抗酸杆菌，可报告为"找到抗酸分枝杆菌".对临床疾病的诊断和治疗具有重要参考价值。
除以上所述染色方法外，用于细菌鉴定的还有鞭毛染色、异染颗粒染色等。鞭毛染色后于显微镜下可观察到菌体上有无鞭毛、鞭毛的位置及数量，在细菌鉴定中，特别是非发酵菌的鉴定中很重要。疑为白喉棒状杆菌感染，进行涂片检查，除证实为革兰阳性典型棒状杆菌外，还须用异染颗粒染色法，镜检异染颗粒，方可初步报告“检出形似白喉棒状杆菌”
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