根据电泳中是否使用支持介质分为自由电泳和区带电泳。
自由电泳不使用支持介质，电泳在溶液中进行。这类电泳又分为非自由界面电泳和自由界面电泳两类。非自由界面电泳指悬浮在溶液中的带电粒子（如各种细胞）通电后全部移动，不出现界面，如显微电泳等。自由界面电泳中被分离物质集中在某一层，形成各自的界面而进行定性或定量分析。自由界面电泳需要昂贵精密的电流仪器，仅在少数特殊电泳如等电聚焦电泳和等速电泳中使用。
区带电泳都使用支持介质，根据支持介质不同分为滤纸电泳、醋纤膜电泳、薄层电泳和凝胶电泳等。此外，根据支持介质的装置形式不同又可分为水平板式电泳、垂直板式电泳、垂直盘状电泳、毛细管电脉、桥形电泳和连续流动电泳等。
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