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如果你的蛋白质可能的异源二聚体中两个亚基大小有差异（例如一个30kD,另一个50kD）,那直接用SDS-PAGE就可以了.在SDS和DTT/beta-ME作用下二聚体中的两个亚基会完全分开,在泳道中按照分子量大小迁移,如能产生两个大小不同含量相近的条带则是异源二聚体,否则是同源二聚体.如果你可能的异源二聚体中的两个亚基大小基本相同,则SDS-PAGE只能显出一条带,这时候你得借助辅助手段（质谱鉴定,western等）鉴定,或者尝试二维电泳,根据两个亚基不同的电荷,分子量区分.
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