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在pcr反应过程中，要使用三个不同的温度变化，有变性，退火，扩增三个不同的反应阶段，而这三个反应需要的最适温度不同。具体设置如下：
1、变性反应温度的设置
当温度控制在90 °C以上时DNA会发生变性，双链DNA解链成单链。
2、退火反应温度的设置
当温度下降到50 °C的时候，DNA复性，两种引物通过碱基互补配对与两条单链DNA结合。
3、扩增反应温度的设置
当温度上升到72 °C左右时延伸，DNA 聚合酶在此时有最大活性，能够催化4 种脱氧核苷酸合成新的DNA链。
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