（1）分子离子峰一定是质谱中质量数最大的峰，它应处在质谱的最右端
（2）分子离子峰应具有合理的质量丢失。也即在比分子离子小4～14及20～25个质量单位处，不应有离子峰出现，否则，所判断的质量数最大的峰就不是分子离子峰。因为一个有机化合物分子不可能失去4～14个氢而不断键。如果断键，失去的最小碎片应为CH3，它的质量是15个质量单位。同样也不可能失去20～25个质量单位。
（3）分子离子峰应为奇电子离子，它的质量数应符合氮规则（略）。
如果某离子峰完全符合上述3项判断原则，那么这个离子峰可能是分子离子峰；如果3项原则中有一项不符合，这个离子峰就肯定不是分子离子峰。应该特别注意的是，有些化合物容易出现M-1峰或M+1峰，另外，在分子离子很弱时，容易和噪音峰相混，所以，在判断分子离子峰时要综合考虑样品来源、性质等其他因素。
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