柱前衍生法和柱后衍生法各有其优缺点。
柱前衍生法的优点是：相对自由地选择反应条件；不存在反应动力学的限制；衍生化的副产物可进行预处理以降低或消除其干扰；容易允许多步反应的进行；有较多的衍生化试剂可选择；不需要复杂的仪器设备。缺点是：形成的副产物可能对色谱分离造成较大困难；在衍生化过程中，容易引入杂质或干扰峰，或使样品损失。
柱后衍生法的优点有：
（1）形成副产物不重要，反应不需要完全，产物也不需要高的稳定性，只需要有好的重复性即可；
（2）被分析物可以在其原有的形式下进行分离，容易选用已有的分析方法。
缺点是：
（1）对于一定的溶剂和有限的反应时间来说，目前只有有限的反应可供选择；
（2）需要额外的设备，反应器可造成峰展宽，降低分辨率。
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