目前临床常用的用于微生物鉴定的质谱仪包括法国生物梅里埃的Vitek-MS和德国布鲁克公司的Biotyper。Vitek-MS最初来自日本岛津公司推出的一款质谱仪Axima，其微生物数据库SARAMIS由德国Anagnos Tec公司开发。Biotyper系统是布鲁克公司独立研发的产品。两个系统的数据库都是开放平台，支持使用者添加和扩大数据。
MALDI-TOF MS是十分准确的细菌鉴定方法，培养的条件如培养基或者pH值的变化对检测结果的影响很小，所以实验室间可比性也很好。在已发表的大多数研究中，质谱分析出现错误报告的几种原因为，数据库自身不完整、数据比对或者采集时发生错误、质谱分辨率无法区分的相似菌种等。
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