应用范围不同
1.气相色谱仪：
分离能力好、灵敏度高、分析速度快、操作方便等。
受技术条件的限制，沸点太高的物质或热稳定性差的物质都难于应用气相色谱法进行分析，一般对500℃以下不易挥发或受热易分解的物质部分可采用衍生化法或裂解法。
2.液相色谱仪：
高效液相色谱法，只要求试样能制成溶液，而不需要气化，因此，不受试样挥发性的限制。对于高沸点、热稳定性差、相对分子量大（大于400以上）的有机物（些物质几乎占有机物总数的75%-80%）原则上都可应用高效液相色谱法来进行分离、分析。据统计，在已知化合物中能用气相色谱分析的约占20%，而能用液相色谱分析的约占70-80%。
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