普遍存在
厌氧菌是人体正常菌群的组成部分，广泛存在于人体皮肤和腔道的深部黏膜表面，在组织缺血、坏死，或者需氧菌感染的情况下，导致局部组织的氧浓度降低，才发生厌氧菌感染。
抗厌氧菌类药物主要为硝基咪唑类，包括甲硝唑和替硝唑等。因为便宜，副作用小，不易产生细菌耐药，所以应用广泛，其中甲硝唑使用最多，但细菌对甲硝唑的耐药性也在不断增加。厌氧菌感染，要用甲硝唑或替硝唑。
在治疗某些感染性疾病时，有时候即使使用再高级的抗生素，效果也不好，反而导致菌群失调，加重病情。这种情况，可能是因为我们忽视了对厌氧菌的治疗。
多为混合感染
由于甲硝唑被还原的中间产物对氧十分敏感，所以在有氧环境下容易失活，故只对厌氧菌发挥作用。但厌氧菌感染多为混合感染，即厌氧菌和需氧菌掺杂，两种细菌互相促进生长，因此在治疗厌氧菌感染时，须采用分别对需氧菌和厌氧菌敏感的药物，一般与头孢类药物合用，提高疗效。
由于厌氧菌培养需要一定的条件和时间，所以常在获得实验结果以前，医生已作出抗厌氧菌治疗的决定。因为感染的常见部位为口腔、腹腔、肠道及盆腔等，所以当这些部位发生感染性疾病时，治疗上一般会使用抗厌氧菌类药物。此外，当脓液或渗出液有腐败性臭味或甜味时，提示厌氧菌感染的可能性大。
牙周炎致病菌
“口腔部位腔隙较多，利于细菌生长。”首都医科大学附属北京朝阳医院口腔科主任陈世璋说，研究显示，成年人牙周炎时，革兰氏阴性厌氧菌所占的比例，约为75%。
在口腔科炎症的治疗中，抗厌氧菌类药物应用比较普遍。主要用在以下方面：慢性成人牙周炎，口服甲硝唑或替硝唑，一周后停药，药效可以维持1―2周；慢性牙周炎急性发作，或由厌氧菌造成的严重感染性疾病，如颌面部的间隙厌氧菌感染、上颌窦炎等，需要与其他抗生素联合用药，静脉点滴3―5天。
回肠、结肠细菌高
胃肠道组织，几乎处在半封闭状态，氧气供应不好，所以厌氧菌容易生长。首都医科大学附属北京友谊医院普外科张忠涛主任说，肠蠕动使绝大多数细菌被送入下段肠道，因此，末端回肠及结肠细菌含量高，且99.9%为厌氧菌。
做直肠、结肠手术时，容易发生肠管破裂，或者需要手术切断，所以其内的厌氧菌可以进入腹腔。为了防止感染，此类手术前一般口服一天甲硝唑类药物预防感染，手术后还要继续静点三天。
对于已被污染的手术操作，例如各种肠管破裂的急诊手术，肠管内的厌氧菌感染腹腔的可能性极大，因此在手术中，可以将甲硝唑液体倒入腹腔，进行浸泡和冲洗。
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