内切酶incisionenzyme是一种能催化多核苷酸的链断裂的酶，只对脱氧核糖核酸内一定碱基序列中某一定位置发生作用，把这位置的链切开。通过内切酶可以把某一个遗传基因切下来，若再连在别的细胞的遗传基因上，便可使这细胞具有新的遗传特性。内切酶的发现和采用，使基因工程成为可能。一种限制酶只能识别一种特定的核苷酸序列，并在特定的切点上切割DNA分子。
克隆PCR产物的方法之一，是在PCR产物两端设计一定的限制酶切位点，经酶切后克隆至用相同酶切的载体中。但实验证明，大多数限制酶对裸露的酶切位点不能切断。必须在酶切位点旁边加上一个至几个保护碱基，才能使所定的限制酶对其识别位点进行有效切断。酶切位点（内切酶的识别序列）要加在引物的5'端，为保证PCR产物能被限制性内切酶的识别且有效的酶切，一般在引物的5'端酶切位点侧边加上保护碱基。具体为：5'-保护碱基＋酶切位点＋引物序列-3。
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