hoechst法看凋亡，主要是看sub-G1期的细胞数量。原理就是凋亡的细胞，由于DNA正在降解，所以含量比正常细胞要少。在以PI荧光强度（代表DNA量）为横坐标的柱状图上，一般会有2个峰，G1和G2，G1就是正常细胞，G2是正在分裂的2倍体。2者间是S期细胞。如果有凋亡的细胞，在G1前会有细胞出现，就是DNA含量少于正常细胞的凋亡细胞.
BIOG tunel法是运用细胞在发生凋亡时，会激活一些DNA内切酶，这些内切酶会切断核小体间的基因组DNA。细胞凋亡时抽提DNA进行电泳检测，可以发现180-200bp的DNA ladder。基因组DNA断裂时，暴露的3’-OH可以在末端脱氧核苷酸转移酶(Terminal Deoxynucleotidyl Transferase, TdT) 的催化下加上荧光素 (FITC) 标记的dUTP (fluorescein-dUTP) ，从而可以通过荧光显微镜或流式细胞仪进行检测。
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