优点
荧光原位杂交(FISH)法和辐射杂种细胞系(RH)技术是国际上最常用的基因定位的两种方法，各有优缺点。FISH可以定位基因组中多个同源位点，结果直观、可靠，而RH法则很困难。但是FISH法检测步骤繁杂，尤其受探针大小的影响较大，2kb以下的cDNA序列很难定位，而且结果需要有经验的细胞遗传学家进行分析。RH法简单易行，定位精度高，适合小于lkb--2kb以下的序列，根据统计学方法可直接定位。其结果也便于不同实验室间比较。和其他作图法相比，RH作图法是依赖于辐射引起的断点而不是靠减数分裂重组得到的断点，是一种完全独立的方法，所以是一个互补的作图方法，可利用所有不同的STSs，具有巨大的DNA补充潜力，从而有利于整合不同的遗传和转录图以及所有基因组位标(无名序列、中心粒和端粒)。
缺点
但是RH法也受到某些自身条件的限制，RH嵌板中每个杂交克隆均包括仓鼠和人的基因组DNA，可以看作是在仓鼠基因组DNA背景下相区别。如有些基因无法定位的原因即在于它的序列包括阅读框架以及3，UTR区域与仓鼠的相似性高达90%以上。此外，做ESTs或全长cDNA定位的引物为cDNA序列，而RH法是在基因组DNA上扩增出相应的片断，由于内含子序列的存在，扩增结果与引物设计的部位直接有关，一般应选用3，UTR部位的序列。还应指出，用RH法能否成功定位，依赖于该基因所在染色体区域上合适位标的存在。如果现有的RH图中此区域分布的合适位标过少，可改用位标位点多的嵌板。因此随着今后RH图精度的提高，越来越多的STSs被放置于染色体上，有望弥补这个缺陷。
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