早在1899年，法国巴斯德研究所的儿科医生Henry Tissier从母乳喂养的健康婴儿的粪便中分离出的一种厌氧的革兰氏阳性杆菌，当时命名为Bacillus bifidus。随后，Tissier就发现补充这种分叉状的杆菌能治疗肠道感染方面的疾病。在Tissier发现双歧杆菌以后，人们发现了更多的双歧杆菌属的成员，人们对双歧杆菌的生理功能进行了深入的发掘与研究，经过一个世纪的发展，特别是近年肠道微生物组学研究的发展，人们越来越认识到双歧杆菌的重要性。双歧杆菌在医药、食品等方面也得到了广泛的应用。
按照林奈氏分类系统属于双歧杆菌属，按照三域系统属于细菌域 ，按照五界分类系统属于原核生物界。
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