随着人类认识的发展，转基因植物的种种潜在危害也逐渐被认识。
1、具有高产、抗性强的转基因植物品种不断地被推广，势必导致品种的单一化和贫化。
2、转基因植物的目的基因发生逃逸，亦即通过异花授粉与野生近缘种杂交，可能产生新的杂草。
3、转基因植物由于抗性强，能适应各种恶劣环境，其中有些作物，它们的不少性状与它们的杂草化的祖先是共同的，因此，某些遗传的改变可能使作物本身成为杂草。如高度抗盐的转基因水稻品种就可能侵入到港湾中大量繁殖起来成为杂草。
4、转基因植物是自然界本身并不存在的植物，因此对于一个生态系统来说，转基因植物的进入就相当于外来种的侵入。
面对转基因植物的可能危害，国际上提出生物安全问题。我国也制定了有关法规，按照潜在危险程度，将基因工程分为四个等级，采取不同的管理措施。
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