变形菌属于腐败菌，在自然界分布广泛，土壤、污水和动植物中，都可检出，肉制品、水产品和豆制品极易受其感染，而且在一般情况下，被污染的食物感官、性状无明显改变，很容易被人误食。有文章报道，在夏秋季食品的带菌率在11.3%-60.0%，又因该属细菌生长繁殖的营养要求不苛刻，一般条件即可在食物上繁殖，当大量的活菌性食物中毒中，因变形杆菌引起的中毒次数仅少于沙门氏菌属。在人和动物的肠道中，也常有存在。动物带菌率为0.9%-62.7%，其中以犬的带菌率最高。
致病因素有鞭毛、菌毛、内毒素和溶血毒素等。本属细菌中尤以奇异变形杆菌引起的感最为常见，其次是普通变形杆菌，为条件致病菌，多为继发性感染。在引起泌尿系统感染中这两种菌仅次于大肠埃希菌；医源性感染较多见，如留置导尿管、尿路堵塞、肠道细菌迁移等。变形杆菌的脲酶分解尿素产氨，使尿液pH增高；碱性环境利于该菌生长，也是重要因素。该菌还可引起慢性中耳炎、创伤感染等，亦可引起膀胱炎、婴儿腹泻、食物中毒等：奇异变形杆菌可引起败血症，病死率较高。
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