谷氨酰转肽酶对于肝胆疾病的诊断缺乏特异性，血清水平升高不仅提示肝胆疾病，也见于肝脏以外的疾病，如急性胰腺炎、充血性心力衰竭、心肌梗塞和糖尿病。
还有其他因素影响谷氨酰转肽酶的血清水平，如酗酒，巴比妥、苯妥英和男性用药也可能有谷氨酰转肽酶改变。
但是谷氨酰转肽酶的活性与转氨酶水平和肝病变程度有良好的一致性。谷氨酰转肽酶升高与转氨酶正向线性相关。谷氨酰转肽酶异常率与肝组织病变的程度显著相关，故此谷氨酰转肽酶也算是反映肝细胞损害程度的指标。
与谷丙转氨酶关系
在反映慢性肝细胞损害及其病变活动时谷氨酰转肽酶（γGT）有时较转氨酶灵敏，在较严重的慢性肝损害谷丙转氨酶（ALT）可无明显异常，而γGT则可持续升高，呈“γGT与ALT分离现象”。
在降酶药物治疗中ALT反应常较灵敏，γGT不随ALT下降的病例可能病变较重。
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