多变量发展行为遗传学研究多个变量的研究已经成为近年来发展行为遗传学的重点与热点，研究者越来越多地开始对共同遗传性状的基因进行研究，这些研究的关键概念就是基因多效性。虽然基因多效性问题早已有人提出，但分子遗传学对脑与行为发展的研究还有很长的路要走。
不过当前使用功能基因组技术，研究者们可研究基因在体内的表达方式及参与途径。例如，微阵列分析技术可实时采集个体一系列DNA信息，如发育过程中基因何时被开启和关闭，在特定时间内有哪些基因表达以及表达量多少等，这有助于研究者探明基因到底是怎样影响复杂表型的。值得一提的是，微阵列分析不需要指定特定的遗传标记就可对基因系统进行研究。但是不得不指出，当前，微阵列研究相对于标准的分子遗传学研究，其优势有限：微阵列分析技术花费昂贵、过程复杂，并且没有得到广泛的认可。
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