在医药上，因酵母富含含维生素B、蛋白质和多种酶，所以菌体制成成酵母片，用于治疗消化不良；还可从酵母菌中提取出用于生产核酸类衍生物、辅酶A.细胞色素C、谷胱甘肽和多种氨基酸的原料。
用于生产重组乙型肝炎疫苗（酿酒酵母）。该疫苗系由重组酿酒酵母表达的乙型肝炎（简称乙肝）病表面抗原（ HESAR）经纯化，加入铝佐剂制成。用于预防乙型肝炎。
中美科学家针对目前已经研究清楚的四种天然苯二酚内酯聚酮化合物（monocillin II、resorcylide、lasiodiplodin和curvularin）的模式生物合成途径，利用组合生物合成技术，通过聚酮合酶亚基重排和随机组合，在酿酒酵母中异源表达新型聚酮合酶，实现一系列“非天然的”的聚酮类化合物的一步合成，为新一代药物筛选提供新的候选化合物库。
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