一般的线粒体核糖体由28S核糖体亚基（小亚基）和39S核糖体亚基（大亚基）组成。在这类核糖体中，rRNA约占25%，核糖体蛋白质（简称“RP”）约占75%。线粒体核糖体是已发现的蛋白质含量最高的一类核糖体。 [6]
线粒体核糖体中含有2-3种rRNA和85种RP。 [7] 另有研究认为人类线粒体核糖体只含有78种RP。 [8] 线粒体核糖体蛋白质（简称“MRP”）可根据它们在核糖体自组装过程中与rRNA结合的先后顺序分为初级结合蛋白、次级结合蛋白等几类。在线粒体核糖体39S亚基中，L7、L13、L14、L21、L26与L44已被证实是初级结合蛋白，而L8、L11、L28、L35、L40、L49与L50则被证实是次级结合蛋白。 [9] 线粒体核糖体28S亚基中含有长度约为950nt的12S MT-RNR1，而39S亚基中则含有长度约为1560nt的16S MT-RNR2。高等植物的线粒体中另外含有一种沉降系数也为5S，但与该rRNA细胞质核糖体的5S rRNA不同。
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