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大核酶催化的反应有剪切反应、剪接反应和转肽反应。其中最典型的代表是存在于所有细胞中的核糖核酸酶P。与其他核酶不同的是，核糖核酸酶P使用水分子作为亲核基团，并且，核糖核酸酶P既含有RNA，又含有蛋白质。
核糖核酸P的催化机制是依赖于2个Mg2+的双金属催化，1个Mg2+激活充当亲核试剂的羟基，使这个羟基进行亲核取代，形成一个新的键，取代在3′-切开的磷酸基团上的氧。另1个Mg2+与水分子结合，促使质子转移给在3′-切开的磷酸基团上的氧，从而促进产物的释放。
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