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反相柱用于大多数HPLC分析，主要用来做含量分析。正相柱主要用于分离手性化合物，主要用于测试ee值，dr值等。前者流动相一般为与水混溶的溶剂，如水-甲醇，乙腈，甚至加入无机盐配成缓冲溶液，而后者往往用正戊烷等憎水溶剂。正相柱对溶剂中的水有一定要求，过多的水会使其损坏。
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