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枯草杆菌蛋白酶的结构已通过X射线晶体学确定。成熟的形式是一种含有275个残基的球状蛋白质,带有几个α螺旋和一个大的β折叠片。N端包含一个I9前肽结构域(InterPro:IPR010259),它有助于枯草杆菌蛋白酶的折叠。域的蛋白水解去除激活酶。它在结构上与丝氨酸蛋白酶的糜蛋白酶族无关,但在活性位点使用相同类型的催化三联体。这使它成为趋同进化的经典例子。