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丝氨酸蛋白酶（或丝氨酸内肽酶）是酶的是切割肽键在蛋白质，其中丝氨酸作为亲核氨基酸在（酶的）活性位点。它们普遍存在于真核生物和原核生物中。丝氨酸蛋白酶根据其结构分为两大类：胰凝乳蛋白酶样（胰蛋白酶样）或枯草杆菌蛋白酶样。
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