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果胶酶由各种植物（主要是真菌）、酵母、昆虫、细菌和微生物天然产生，但不能由动物或人体细胞合成。在植物中，果胶酶可水解细胞壁中的果胶，促进新的生长和变化。与其在植物中的作用类似，果胶酶在真菌发育阶段分解果胶。
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