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巨噬细胞分布广泛，在疏松结缔组织内数量较多。
巨噬细胞形态多样，因其功能状态不同而变化，一般为圆形或椭圆形，并有短小突起，功能活跃者常伸出较长伪足而呈不规则形。胞核较小，呈圆形或椭圆形，着色较深。扫描电镜下，细胞表面有许多微皱褶和突起，呈彩球状。
透射电镜下，胞质含有大量初级溶酶体、次级溶酶体、吞噬小泡和吞噬小体，此外还有较发达的高尔基复合体、少量线粒体和粗面内质网等。巨噬细胞在体外培养时可附着在玻璃和塑料表面，其胞质非特异性脂酶阳性，常以此收集和鉴别巨噬细胞 。
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