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果胶酶在果汁和葡萄酒工业中扮演着各种角色。它们用于果汁中的澄清，还可以通过果肉的酶促液化来加速果汁的提取。此外，果胶酶有助于果汁工业中果肉产品的形成。果胶酶用于从果泥中提取汁液。这是在果胶酶分解底物果胶并提取果汁时完成的。果胶酶降低了生产果汁所需的活化能并催化反应。
果胶酶通过从水果中提取花青素而在葡萄酒工业中很有用，有效地加强了葡萄酒的着色。果胶酶还可用于从植物细胞的细胞壁中提取汁液。
果胶酶也用于纺织工业中的沤胶。添加螯合剂或用酸预处理植物材料可增强酶的作用。
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