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半胱氨酸蛋白酶，也称为硫醇蛋白酶，是降解蛋白质的水解酶。这些蛋白酶都有一个共同的催化机制，涉及亲核半胱氨酸巯基的催化三联或对子。
1873年由GopalChunderRoy发现，xxx个被分离和表征的半胱氨酸蛋白酶是从Caricapapaya中获得的木瓜蛋白酶。
半胱氨酸蛋白酶常见于水果中，包括木瓜、菠萝、无花果和猕猴桃。当果实未成熟时，蛋白酶的比例往往较高。
事实上，已知数十种不同植物科的胶乳含有半胱氨酸蛋白酶。半胱氨酸蛋白酶被用作嫩肉剂的成分。
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