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该MEROPS蛋白酶分类系统计数14个超家族，加上几个当前未分配的家庭（截至2013年）每个包含许多家庭。每个超家族使用催化三联体在不同的或成对蛋白质折叠等代表趋同进化的的催化机制。
对于超家族，P表示包含亲核类家族混合物的超家族，C表示纯半胱氨酸蛋白酶。超家族。在每个超家族中，家族由其催化亲核试剂（C表示半胱氨酸蛋白酶）指定。
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