潜在药物
目前还没有广泛使用半胱氨酸蛋白酶作为批准的有效驱虫药，但对该主题的研究是一个有前途的研究领域。已发现从这些植物中分离的植物半胱氨酸蛋白酶具有高蛋白水解活性，已知可消化线虫角质层，且毒性非常低。已经报道了对线虫如Heligmosomoidesbakeri、旋毛虫、Nippostrongylusbrasiliensis、Trichurismuris和Ancylostomaceylanicum的成功结果；该绦虫Rodentolepismicrostoma，以及猪棘头虫Macracanthorynchushirundinaceus。半胱氨酸蛋白酶的一个有用特性是抗酸消化，允许口服给药。它们为当前的驱虫药提供了一种替代作用机制，并且认为不太可能产生抗药性，因为它需要彻底改变蠕虫角质层的结构。
在一些传统药物中，木瓜、菠萝和无花果的果实或乳胶被广泛用于治疗人和牲畜的肠道蠕虫感染。
其他
半胱氨酸蛋白酶用作牲畜的饲料添加剂，以提高蛋白质和氨基酸的消化率。
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