关于异染色质的功能，还未深入了解。但以下的几点是明显的。
1、结构型异染色质可以加强着丝点区，使着丝粒稳定，以确保染色体分离。
2、可以隔离和保护重要基因（例如NOR区的18S和28S基因），防止或减少基因突变和交换。
3、促进物种分化，同源染色体可通过其异染色质区的重复序列在减数分裂时配对，这种配对能帮助染色体全长的联会。重复序列中可以容纳突变，进而形成新的不同重复序列，由此而促进物种的分化和形成。
4、有利于非必要基因在生存竞争中被淘汰。
5、具有斑点位置效应，能导致常染色质异染色质化，使其中的基因表达受到抑制。
6、异染色质可以从两个方面参与基因调控：一是通过一种与“异染色质化”有关的过程，使多数大片段的染色质结构关闭；二是通过稳定更多的已开放的染色质结构来避免其关闭结构状态的存在。
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