松果体来源于神经外胚层，位置相当于第三脑室顶部。人胚33~36天时，此处室管膜增厚，即为松果体原基。有时在其前方可发生一个小突，称为副松果体，多在胚胎后期消失，但亦可残留形成为成体的囊肿。2个月时，增厚的松果体原基向外突起，先形成小囊状，以后细胞增殖构成实质性器官，只在其基部保留一小腔，即为隐窝。松果体与间脑相连处形成松果体柄。胚胎5个月时，细胞分化为松果体细胞和神经胶质细胞，细胞逐渐成团、索状排列。6个月时，松果体细胞明显分化，至第8个月时，松果体已近似成年型。出生后，松果体细胞停止增生，但细胞继续增大，神经胶质细胞、间质增多。在胚胎后期及幼年早期，松果体细胞由弱嗜铬性的大细胞和强嗜铬性的小细胞（未成熟型）组成。当细胞成熟时，核出现凹陷或分叶状，有核仁，胞质有嗜铬性细颗粒。电镜显示，胚胎后期松果体细胞已有分泌功能。一般来说，人的松果体细胞无感光功能，不能出现从光感细胞演变为内分泌细胞的几种过渡类型，如有纤毛的原始分泌细型光感细胞、中间型光感-内分泌细胞、完全内分泌细胞。
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