凝胶的分辨能力同凝胶的类型和浓度有关，琼脂糖凝胶分辨DNA片段的范围为0.2~50kb，而聚丙烯酰胺凝胶的分辨能力要高一些，能够分辨较小分子质量的DNA片段，其分辨范围为1~1000bp。
凝胶浓度的高低影响凝胶介质孔隙的大小，浓度越高，孔隙越小，其分辨能力也就越强；
反之，浓度降低，孔隙就增大，其分辨能力也就随之减弱。
例如，20%的聚丙烯酰胺的分辨力可达1~6bpDNA小片段，而要分离1000bp的大DNA片段，则要用3%的聚丙烯酰胺的凝胶。2%的琼脂糖凝胶可分辨小到300bp的双链DNA分子，而对于较大片段的DNA，则要用低至0.3%~1.0%的琼脂糖凝胶。
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