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蛋白质是生命功能的体现者，而蛋白酶体直接影响某些蛋白质的更新，其中包括错误折叠蛋白和许多在生命活动中起重要作用的蛋白质，如p53、cyclin 等，显然这些蛋白质数量的调节会直接影响相关的生物学功能。
蛋白酶体的功能涉及细胞周期控制、细胞凋亡、应激反应、DNA修复、基因转录、抗原提呈、信号转导、癌症、炎症、神经退行性疾病的发生等。
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