优点：与传统方法相比，微波萃取能大大加快组织的水解，使果胶提取时间由传统方法90min缩短为5min，而且受热均匀，不会破坏果胶长链结构，同时降低了能耗，工艺操作容易控制，降低劳动强度，所得样品质量好，凝胶性能、色泽、溶解性等指标都有所提高，产率比传统方法提高了2%。除此之外，还大量节约酒精溶剂，产品质量符合国家质量标准，在生产应用上具有重要的现实意义。微波加热技术在化工和食品领域中的应用越来越引起人们的关注。
缺点：微波加热速度太快，不易控制加热温度。而且该法对微波的波长和功率都有一定的要求，否则会造成果胶产品形态有所差异。再者，微波法操作不当容易泄漏，对生物有害。现阶段对微波法的理论研究还不足，有待进一步探究。
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