顺反异构体的物理性质有所不同，并表现出一些规律性，其中较显著的有：熔点、溶解度和偶极矩。
熔点：反式异构体中的原子排列比较对称，分子能规则地排入晶体结构中，其分子所构成的晶体的分子间的色散力就越大，晶格能则越大，因而反式异构体具有较高的熔点。
偶极距、沸点和溶解度：一般来说，反式异构体的极性较小。尽管取代基不同时影响力不同，但仍可作部分抵消。而顺式异构体中两个电负性相同的原子或原子团处在分子的同侧，不像反式那样比较对称地排列，则不能产生这种抵消，从而在矢量合力方向上产生一个偶极矩，因而顺式分子的偶极距比反式大。偶极分子有微弱的极性，因此在弱极性的水中的溶解度也就比较大。分子极性越大，越类似离子型化合物，其分子间静电相互作用力就越大，分子间作用力越大，因此顺式异构体沸点越高。
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