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本病根据患者有腹泻，腹胀，上腹部疼痛或不适感，粪便恶臭，并可发现蓝氏贾第鞭毛虫等一般诊断不困难。在粪中发现具有特征性的滋养体或包囊就可作出诊断。这些虫体在急性期很易找到，但在慢性感染期则以低水平间歇性排出虫体，因此需反复多次粪检或用尼龙线法或内镜法获取上段小肠内容物检查虫体，还可用免疫荧光试验和酶联免疫吸附试验检测粪中的贾第虫或贾第虫抗原，还有特异性DNA探针技术。
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