HSV-1是被膜、衣壳、核心、囊膜合成的圆形病毒，双链线性的DNA合成是病毒的重点，纤丝成卷缠绕，在125～240kb。HSV-2的基因组在154kb左右。HSV-2HG52株基因组中G+C成分在70%左右，中部由L-S交壤处共价连接的短片段18%与长片段82%而合成，各个片段包含两端的反向重复序列与中部的特殊序列，因其连接形式不同，HSV-2基因组产生4种同分异构体分子。HSV转录调节方式多种，基因组构造复杂，基因数量很多且彼此重叠。HSV-2基因经由严格的级联调节被转录及表达，按照时间前后依次分成三类：立即早期基因、早期基因以及晚期基因。
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