1.与慢性原发性肾上腺皮质功能低下鉴别
给足量的皮质激素后色素沉着不消退，且垂体瘤进行性增大。
2.与异位库欣综合征鉴别
血浆ACTH值均升高，但异位库欣综合征患者血皮质醇水平升高，而Nelson综合征患者血皮质醇水平降低。还可作赖氨酸加压素试验可鉴别。肌注LVP10国际单位前、后测血浆ACTH值。Nelson综合征注射后峰值比注射前基础值增高300%。正常人仅到140%。
3.其他
肾上腺手术前有皮肤色素沉着者应考虑到垂体肿瘤的存在，还应考虑到垂体、肾上腺外的癌瘤造成的异位ACTH分泌综合征。
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