肽酶是一种能够水解肽链的酶，是国际生物化学和分子生物学联盟命名委员会（Nomenclature Committee of the International Union of Biochemistry and Molecular Biology，NC-IUBMB）推荐的作为所有蛋白水解酶的一般术语，可以分为两大类型，即内肽酶(E.C.3.4.21~3.4.99)和外肽酶(E.C.3.4.11~3.4.19)：其中内肽酶作用于多肽链内部的特定肽键，如存在于动物消化道的胃蛋白酶、胰蛋白酶和糜蛋白酶等，这些酶对不同氨基酸组成的肽键有特异性；外肽酶作用于蛋白质肽链两端肽键的酶，作用于氨基端肽键的称氨基肽酶，作用于羧基端肽键的称为羧基肽酶。食物蛋白质在消化道中经过各种肽酶的连续作用，最后分解成为游离氨基酸。
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