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从化学结构上含高能磷酸键的化合物分为:
1、磷酸酐,如焦磷酸,核苷酸;
2、羧酸和磷酸合成的混合酸酐,如乙酰磷酸,1,3-二磷酸甘油酸,氨基酰-AMP;
3、烯醇磷酸,如磷酸烯醇式丙酮酸;
4、磷氨酸衍生物(R-NH-PO3H2),如磷酸肌酸。