复杂性尿路感染指尿路系统存在解剖或功能异常，或者有肾外伴发病，这个时候反复或持续发作的尿路感染也会导致肾功能的严重损害。泌尿系统功能和解剖的异常包括泌尿系统的梗阻和结石等，肾外的伴发病包括糖尿病、棱形细胞病以及滥用含有非那西丁止痛药等。接下来详细点说，第一，尿路有器质性或功能性的异常，引起尿路梗阻、尿流不畅，第二，尿路有异物，比如结石、留置导尿管等，第三，肾内有梗阻，如慢性肾实质疾病基础上发生的尿路感染，多数为肾盂肾炎，可以引起肾组织的损害。复杂性尿路感染以变形杆菌和绿脓杆菌比较多见，多种细菌感染建议留置导尿管。神经源性膀胱、结石、先天性畸形以及阴道、肠道、尿道瘘等会形成复杂性的尿路感染，导致治疗上面的困难。
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