1、形态不同
染色质和染色体是同一种物质的两种形态。染色质是伸展的状态，染色体是高度螺旋的状态。
伸展的染色质形态有利于在它上面的DNA储存的信息的表达，而高度螺旋化了的棒状染色体则有利于细胞分裂中遗传物质的平分。
2、出现时期不同
染色质出现于间期，在光镜下呈颗粒状，不均匀地分布于细胞核中，比较集中于核膜的内表面。由于染色较深，在光镜下常被误认为是核的界膜。
染色体出现于分裂期中，呈较粗的柱状和杆状等不同形状，并有基本恒定的数目(因生物的种属不同而异)。例如人体细胞有染色体23对，共计46条。
3、构成不同
染色质是由DNA和许多组蛋白八聚体构成的核小体链，而后以每圈6个核小体进一步盘绕形成30nm纤丝的染色质2级结构。
染色体是在此基础上结合了核骨架蛋白形成150nm突环，进而形成300nm玫瑰花结（6个突环），再进一步组成700nm的螺旋圈，最后螺旋圈组成1400nm的染色体。
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