虽然许多细菌都能引起脑膜炎，但最常见的菌种是脑膜炎双球菌和肺炎双球菌。病人的年龄，头部外伤伴脑脊液漏的病史以及免疫功能状态等等因素有助于预测致病的细菌。

　　在人群中有5%左右的人在其鼻咽部可找到脑膜炎双球菌，可以通过呼吸飞沫与密切接触传播。由于不明的原因，在带菌者中只有一小部分人会发生脑膜炎。脑膜炎双球菌性脑膜炎最常发生于1岁以内的婴儿中。它也可以在密集生活的人群中(如军营，寄宿学校)发生流行。在成人中，肺炎双球菌是脑膜炎最常见的病因。在慢性酒精中毒，慢性中耳炎，鼻窦炎，乳突炎，闭合性头部外伤伴脑脊液漏，复发性脑膜炎，肺炎双球菌性肺炎，镰状细胞性贫血以及无脾症病例中，特别容易发生肺炎双球菌性脑膜炎。

　　过去，B型流感嗜血杆菌所致的脑膜炎是1个月以上的儿童中最常见的脑膜炎，但预防接种已使其发病率呈现戏剧性的下降。在成人中，B型流感嗜血杆菌引起的脑膜炎少见，除非有易感因素存在(例如，头部外伤，免疫功能缺陷)。

　　革兰氏阴性菌脑膜炎(以大肠杆菌与克雷白杆菌-肠杆菌最为多见)可见于免疫功能缺陷的病人，中枢神经系统外科手术或外伤后，菌血症(例如，老年人中对泌尿生殖器官的操作)，或医院环境内的感染。葡萄球菌性脑膜炎可见于穿通性头部创伤(常为混合性感染中之一)，菌血症(如来自心内膜炎)，或神经外科手术操作。利斯特菌属所致的脑膜炎可见于任何年龄组，特别在慢性肾功能衰竭，肝脏疾病或器官移植以及正在接受肾上腺皮质激素或细胞毒性药物治疗的病例中。大肠杆菌或乙型链球菌引起的脑膜炎在2岁以内的儿童中发病率高，尤其是在1个月以内的婴儿中。