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该基因是PAX家族转录因子的一个成员pax家族成员通常包含一个配对盒域和一个配对型同源域。这些基因在胎儿发育过程中起着关键作用配对盒基因3突变与Waardenburg综合征、颅面耳聋手综合征和肺泡横纹肌肉瘤相关t（2；13）（q35；q14）易位是肺泡型横纹肌肉瘤的常见表现，它代表PAX3与叉头基因的融合选择性剪接导致编码不同c末端亚型的转录本。
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