聚丙烯酰胺凝胶电泳具有较高分辨率，用它分离、检测蛋白质混合样品，主要是根据各蛋白质组分电泳迁移率的不同。这种差异就蛋白质分子本身而言，主要与其所带电荷的差异以及分子大小不同有关。如果将电荷差异这一因素去除或减小到可以忽略不计的程度，分子在凝胶上迁移率的大小则完全取决于相对分子质量的大小。
十二烷基硫酸钠（SDS）是一种阴离子表面活性剂，当其与蛋白质混合，质量比达到1.4:1时，SDS能破坏蛋白质分子间以及其他物质分子间的非共价键使蛋白质的构象发生变化继而使蛋白质变性解离成单一亚基，从而降低或消除了各种蛋白质分子间的天然电荷差异，形成SDS-蛋白质负离子，这样就使电泳迁移率只取决于分子大小这一因素。据经验得知，当蛋白质的相对分子质量在17000-165000之间时，蛋白质-SDS复合物的电泳迁移率与蛋白质相对分子质量的对数呈线性关系，于是根据标准蛋白质相对分子质量的对数和迁移率所作的标准曲线，可求得未知蛋白质的相对分子质量。
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