DNA甲基化是最早发现的修饰途径之一，存在于所有高等生物中。DNA甲基化能关闭某些基因的活性，去甲基化则诱导了基因的重新活化和表达。
DNA甲基化的主要形式:5-甲基胞嘧啶、N6-甲基腺嘌呤、7-甲基鸟嘌呤。
真核生物细胞内存在两种甲基化酶活性:
日常型甲基转移酶:对半甲基化的DNA有较高的亲和力，特异性强
从头合成型甲基转移酶:不需要母链指导，但速度很慢
DNA甲基化抑制基因转录的机理:
DNA甲基化导致某些区域DNA构象变化，从而影响了蛋白质与DNA的相互作用，抑制了转录因子与启动区DNA的结合效率。
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