激光扫描聚焦扫描显微镜应用广泛，在生命科学、医学研究中日益受到重视。
● 原位鉴定细胞或组织里的生物大分子、观察细胞或亚细胞形态结构
原位检测核酸；
检测蛋白质、抗体及其他大分子；
检测细胞凋亡；
细胞器的观察和测定（线粒体、溶酶体、内质网和高尔基体）；
检测细胞融合；
观测细胞骨架；
检测细胞间隙连接通讯；
检测细胞或组织内脂肪；
进行细胞或组织结构的三维重构等
● 组织形态学观察
● 活体器官的生理、机理功能研究，如神经生物学、发育生物学
● 微生物、细菌、病毒的开态学观察和功能研究
● 交叉学课中的高分辨率成像，如药理研究、材料研究、化工原料等
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