1.躯体疾病
有些躯体疾病在早期可能难以找到客观的医学证据，因此，躯体化障碍的诊断要求病程2年以上，以便自然排除各类躯体疾病所引起的躯体不适。临床上，对年龄超过40岁而首次表现躯体不适为主要症状者，一定要谨慎，不要根据患者有心理诱因、初步检查未发现阳性体征、有一定的暗示性等就轻易做躯体化障碍的诊断。
2.抑郁症
抑郁症常伴有躯体不适症状，而躯体化障碍也常伴有抑郁情绪。鉴别时一方要考虑症状发生的先后；另一方面，要分析症状的特性。如为重性抑郁，尚有一些生物学方面的症状，如早醒、晨重夜轻的节律改变，体重减轻及精神运动迟滞、自罪自责，消极言行等症状可资鉴别。
3.精神分裂症
早期可有疑病症状，但其内容多离奇、不固定，常有思维障碍和情感障碍，患者并不积极求治，可资鉴别。
4.疑病症
躯体化障碍患者关注的重点是症状本身及症状的个别影响，患者要求治疗以消除症状，患者常有过度使用药物的现象；而疑病症更多指向潜在进展性的严重疾病过程及其致残致死结果，患者倾向于要求检查以确定或证实潜在的疾病，患者通常害怕药物及其副作用。
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