凝胶中蛋白的检测
凝胶染色的目的是使其中的蛋白质能够被观察到。目前还没有通用的染色方法，只能在考虑多种因素如需要的灵敏度、线性范围、方便程度、费用、以及成像设备类型等基础上，结合实际进行选择。有时也可以将蛋白转膜后通过免疫印迹的方法来进行检测。
图像采集和分析
成像设备可以摄人图像，对凝胶图像以数字形式保存，对每块凝胶图像进行平等的比较，在各研究组之间传递信息，并对大量的数据进行归类分析。目前应用较为广泛的图像分析软件有PDQuest、ImageMaster 2D Elite、Melanie、BioImage Investigator等，分辨率较高，功能齐全。尽管如此，仍不可避免约10%的未检出点和假点，需要手工添加、删除和分割。图像采集完成后。可以应用各种分析软件进行分析，可以收集、诠释、比较蛋白质组数据资料等。
蛋白鉴定
一旦通过差异分析或其它方法找到感兴趣的蛋白后．就可以从凝胶中或膜上切取这些目标蛋白质作鉴定。现在绝大多数蛋白质的鉴定是通过质谱分析来完成的。
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